Nacque a Medicina il 12 giugno 1913 da Annibale e Lucia Sasdelli. Vi rimase fino ai 17 anni e nel 1930 si trasferì a Bologna dove frequentò la bottega orafa di Andrea Stefani e poi l'Istituto Industrie Artistiche. Nel 1933 partecipa, per la prima volta, a una Mostra pittorica a Palazzo Strozzi di Firenze, per poi recarsi a Monaco e Norimberga in viaggi di studio. In questo periodo fa amicizia con giovani artisti, come lui destinati a crescere di fama: Guido Bugli, Norma Mascellani, Carlo Cuppini.
La vita e l'arte di Aldo Borgonzoni si distinguono per il coerente impegno politico, civile e sociale nei confronti della libertà e di qualsiasi sopruso che potesse ledere la dignità dell'uomo, in particolare dei più umili e deboli. Antifascista, in contatto con Orlando Argentesi e Giovanni Bottonelli aderì alla lotta di liberazione. Nel periodo della Resistenza contribuì alla salvezza di Virgilio Guidi. Prese la tessera del Partito Comunista Italiano, per poi allontanarsene nel tempo.
Nel settembre 1986 la sua città natale, Medicina, gli dedica una ricca mostra antologica con alcuni dei dipinti più significativi dell'artista e comprendente le cento opere su carta in tecniche miste, che Borgonzoni aveva donato alla comunità d'origine. A questa prima donazione, nel 1991 ne seguirà una seconda di ulteriori 56 opere, tra dipinti e sculture, di cui fanno parte anche creazioni di altri grandi artisti: Mario Schifano, Renzo Grazzini, Domenico Rambelli, Enzo Bioli. Alcuni interpreti sono personalità artistiche emergenti, tra cui Maurizio Osti, Adriano Avanzolini e Paola Fabbri.
Borgonzoni si diplomò alla Scuola d'Arte di Bologna nel 1936 e, a fine decennio, intraprese forme di espressionismo consonanti con la Scuola romana di Corrente. Nel 1942 partecipò al Premio Bergamo, assieme a Renato Guttuso, Bruno Cassinari, Ennio Morlotti, Giuseppe Santomaso e Armando Pizzinato. Durante gli anni della Seconda guerra mondiale, l'artista, attivo nella Resistenza, dipinse un ciclo di opere sugli orrori della guerra e strinse amicizia con il pittore Virgilio Guidi e lo scultore Accademico d'Italia Domenico Rambelli.
Nel 1945, fondò a Bologna il Gruppo di Cronache assieme a Pompilio Mandelli, Carlo Corsi, Luciano Minguzzi e Ilario Rossi. Nel 1947, passò lunghi periodi di tempo a Parigi, orientandosi verso il neocubismo. Nel 1948 dipinse, nel Salone della Camera del Lavoro di Medicina, l'affresco Storie del lavoro e della guerra, mentre a Bologna coordinò la Mostra dell'Alleanza della Cultura. Qui incontrò Renato Guttuso, che lo invitò a dipingere nel suo studio romano di Villa Massimo.
Nel 1949, durante il suo soggiorno a Roma, diresse a Piazza di Spagna la galleria d'arte "Bernini", frequentata fra gli altri da Giorgio De Chirico, Leoncillo Leonardi, Marino Mazzacurati ed Emilio Greco. Nello stesso periodo, dipinse una serie di sassi astratto-espressionisti elogiati dalla stampa e ammirati, come ricorda in una lettera, anche da Mimmo Rotella. Sempre nel 1949, vinse il primo premio della Rassegna di Suzzara, ideata da Cesare Zavattini, con l'opera Le Mondine.
Nel 1950, tornò a Bologna e volse la pittura ancor più all'impegno sociale, dipingendo, tra l'altro, un affresco di 100 metri quadri nella Casa del Popolo "Antonio Gramsci" di Vignola, opera successivamente andata distrutta. Dalla metà degli anni cinquanta in poi i media, secondo il critico d'arte Quintavalle, dedicarono poche e distratte recensioni all'artista. Nel 1957, Borgonzoni torna a Parigi, dove strinse amicizia con i pittori Édouard Pignon e Paul Rebeyrolle. Nello stesso anno, venne invitato in Unione Sovietica, dove incontrò i maestri Dejneka e Favorskij.
Nel 1958, conobbe il grande collezionista e mecenate Mario Rimoldi, che lo introdusse in un ambiente nel quale ebbero il privilegio di dipingere solo Massimo Campigli, Filippo de Pisis, Zoran Mušič, Mario Sironi e Borgonzoni stesso. L'artista in particolare preparò in questo contesto la successiva mostra londinese.
Nel 1961, la "Grabowski Gallery" di Londra organizzò una sua mostra, che ottenne la copertina della rivista Apollo. Nello stesso anno, iniziò il ciclo pittorico ispirato al Concilio Vaticano II. Nel 1967, è invitato in Vaticano, dove incontrò papa Paolo VI e ampliò i rapporti con il mondo cattolico sensibile verso le tematiche sociali.

Nel 1968, realizzò mostre antologiche alle "Galerie hlavního města" di Praga e al Museo di Bratislava e partecipò a dibattiti sull'arte, tenutisi nel clima della "Primavera di Praga", interrotti dalla invasione sovietica (evento a seguito del quale ospita in Italia alcuni artisti esuli). Nello stesso anno, il Cardinale Giacomo Lercaro visitò ad Imola una mostra dell'artista sul Concilio: iniziò così un'amicizia fra i due che portò, in virtù dell'impegno propulsivo di Borgonzoni, alla costituzione della Galleria d'Arte Moderna a Villa San Giacomo di San Lazzaro di Savena.
Nel 1976, incontrò nuovamente Paolo VI portando in dono la sua scultura di San Morone. Frattanto, accentuò nel suo stile pittorico spunti di matrice espressionistica, con paesaggi segnati da immagini fossili, esposti in una mostra antologica alla Starci Gradksa di Zagabria e già apprezzati, qualche anno prima, dal critico Arcangeli.
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